Kualitas layanan dan fasilitas  perpustakaan ISI Yogyakarta berdasarkan instrumen akreditasi perpustakaan telah memenuhi Standar Nasional Perpustakaan Perguruan Tinggi, hal ini secara resmi dinyatakan oleh Perpustakaan Nasonal RI dalam bentuk akreditasi perpustakaan dengan nilai A. Selain itu UPA Perpustakaan ISI Yogyakarta itu telah memenuhi standar ISO 9001-2015 (Sistem Manajemen Mutu atau QMS) dan ISO 21001-2018 (Sistem Manajemen Organisasi Pendidikan atau EOMS).