Proses akreditasi bagi perpustakaan perguruan tinggi sangat penting dilakukan. Melalui kegiatan akreditasi perpustakaan diharapkan perpustakaan perguruan tinggi tersebut dapat menjamin standar kualitas yang harus disediakan oleh suatu perpustakaan. Perpustakaan yang sudah terakreditasi akan memberikan kepercayaan kepada publik bahwa sebuah perpustakaan beserta koleksi, jasa, sumber daya manusia dan fasilitas lain memenuhi komitmen pada mutu perpustakaan. Berdasarkan UU no 43 tahun 2007 tentang pepustakaan maka tugas pembina perpustakaan perguruan tinggi adalah Perpustakaan Nasional RI. Selain bertugas sebagai pembina maka Perpustakaan Nasional RI juga mempunyai kewenangan sebagai penilai mutu suatu perpustakaan yang dituangkan dalam penilaian akreditasi perpustakaan. Perpustakaan Nasional RI pada tahun 2015 telah mengakreditasi UPT Perpustakaan ISI Yogyakarta dengan nilai akreditasi “A”. Sehubungan dengan berakhirnya masa berlakunya nilai akreditasi tersebut maka UPT Perpustakaan ISI Yogyakarta telah melaksanakan “Reakreditasi” pada tanggal 29 Maret 2018.
